Awalnya Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kota Samarinda adalah merupakan institusi dekonsentrasi yang sudah ada semenjak periode Orde Lama (1950-1965) dan berlanjut pada periode Orde Baru (1966-1998). Diawal Orde Baru ini barulah berada di bawah Departemen Dalam Negeri (sebelumnya: di bawah Departemen Pengairan Rakyat dan Pembangunan Masyarakat Desa).
Pada Kabinet Ampera 25 Juli 1966-19 Oktober 1967 bernama di Pusat: Direktorat Jenderal Pembangunan Masyarakat Desa (Dirjen PMD) Dep. Dalam Negeri, di provinsi: Kantor Pemberdayaan Masyarakat Desa Tingkat I. Berdasarkan Keputusan Menteri Dalam Negeri No. 99 Tahun 1972 menjadi di provinsi : Direktorat Pembangunan Masyarakat Desa Provinsi, di kabupaten/kotamadya: Sub. Direktorat Pembangunan Masyarakat Desa Kabupaten/Kotamadya.
Berdasarkan Undang-Undang No.5 Tahun 1974 dan Kepmendagri No.135 Tahun 1978 bernama di pusat: Direktorat Pembangunan Desa (Ditjen Bangdes) Dep. Dalam Negeri, di provinsi: Direktorat Pembangunan Desa (Ditbangdes) Provinsi, di kabupaten/kotamadya: Kantor Pembangunan Desa (Bangdes) Kabupaten/ Kotamadya.
Berdasarkan Keppres No. 27 Tahun 1992 dan Kepmendagri No. 92 Tahun 1992 berubah pula menjadi di pusat: Direktorat Pembangunan Masyarakat Desa (Ditjen PMD) Dep. Dalam Negeri, di provinsi : Kantor Pembangunan Masyarakat Desa (PMD) Tk.I, dan di kabupaten/kotamadya: Kantor Pembangunan Masyarakat Desa (PMD) Kabupaten/Kotamadya Tk.II.
Tahun 1993 berdasarkan Kepmendagri No. 80 Tahun 1993 tanggal 8 Oktober 1993 jo. Persetujuan Men PAN No. B.869/I/93 tanggal 23 Agustus 1993 Kantor Pembangunan Masyarakat Desa Tk. I dan Tk. II diserahkan menjadi urusan daerah.
Berdasarkan Undang-Undang dan Kepmendagri awalnya Badan Pemberdayaan Masyarakat dan Perempuan Kota Samarinda dari tahun 1978 s/d tahun 1992 bernama Kantor Pembangunan Desa (Bangdes) Kota Samarinda, dari tahun 1992 s/d 2007 bernama Kantor Pemberdayaan Masyarakat Desa (PMD) Kota Samarinda, kemudian dari tahun 2007 s/d Desember 2008 menjadi Bidang Pemberdayaan Masyarakat pada Badan Kesatuan Bangsa dan Politik (Kesbangpol) Kota Samarinda, dan dari Tahun 2008 s/d 29 Desember 2016 menjadi Badan Pemberdayaan Masyarakat dan Perempuan Kota Samarinda.
Pada tanggal 30 Desember Tahun 2016 dengan didasari UU No. 23 Tahun 2014 tentang Pemerintah Daerah dan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah maka ditetapkan pula Peraturan Daerah Kota Samarinda No. 4 Tahun 2016 Tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, namanya menjadi Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kota Samarinda. Sesuai Peraturan Walikota Samarinda Nomor 31 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kota Samarinda, struktur Organisasi Perangkat Daerah Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kota Samarinda terdiri dari : 1 (satu) Kepala Dinas, 1 (satu) Sekretaris ditambah 3 (tiga) Kasubag, dan 4 (empat) Kepala Bidang yang masing-masingnya membawahkan 3 (tiga) Kepala Seksi Bidang. Struktur baru ini direalisasikan terhitung mulai tanggal 30 Desember 2016.